Le séquençage des gènes du chromosome Y de l' Homme de Néandertal vient d'être publié dans American Journal of Human Genetics. Le spécimen de Néandertalien étudié provient de la grotte d’El Sidron, en Espagne.

Cette étude complète les travaux antérieurs sur le génome de Néandertal. On sait depuis plusieurs années que les populations d'origine eurasienne ont hérité de 2,5 à 4% de gènes néandertaliens, du fait de croisements entre les deux espèces il y a environ 50.000 ans.  "La caractérisation du chromosome Y du Néandertalien nous aide à mieux comprendre les divergences entre les populations qui ont [respectivement] abouti à l'homme de Néandertal et à l'humain moderne", estime Fernando Mendez, de l'Université de Stanford en Californie, l'un des auteurs de cette étude. Cette étude indique que l'ancêtre commun des Néandertal et de l'Homme moderne a vécu il y a de cela entre 447.000 et 806.000 ans. Cela confirme les estimations précédentes. Mais le séquencage du chromosome Y apporte surtout de nouvelles informations :
- Les variants génétiques présents sur le chromosome Y de Néandertal n'ont jamais été observés chez l'homme moderne. Le chromosome Y est transmis exclusivement entre les membres mâles d’une lignée, de père en fils. Aucune lignée patrilinéaire (transmission par les pères exclusivement) ne semble donc rattacher notre espèce à celle de Néandertal.
«Nous n’avons pas pu trouver de l'ADN des chromosomes Y néandertaliens dans les échantillons d’homme moderne", a déclaré Carlos Bustamante, co-auteur de l'étude. "Cela ne prouve pas qu'il est totalement éteint, mais c’est très probable."

"Il est tentant de spéculer que certaines de ces mutations pourraient avoir conduit à ces incompatibilités génétiques entre les humains modernes et les néandertaliens et à la disparition subséquente du chromosome Y néandertalien chez les populations humaines modernes", précisent les généticiens, qui estiment toutefois que d'autres études sont nécessaires pour confirmer cette découverte.

Comment expliquer la disparition du chromosome Y néandertalien ?
Deux hypothèses : 
1- Les gènes du chromosome Y de Néandertal auraient pu tout simplement dériver hors du pool de gènes humains par le simple fait du hasard au cours des millénaires.
2- les chromosomes Y de Néandertal ont des gènes incompatibles avec ceux d’autres gènes humains. L’équipe penche plutôt pour cette seconde hypothèse. Des mutations ont été observées sur trois gènes du chromosome Y néandertalien, évoquant un type de mutation délétère chez les humains mâles. Fernando Mendez précise « les antigènes issus de l'un de ces trois gènes sont responsables d'une réponse immunitaire chez la femme enceinte ; ils attaquent le fœtus, provoquant une fausse couche ».

Cela voudrait dire que l’accouplement d’un Néandertalien et d’une Homo sapiens ne pouvait être fertile : la grossesse ne pouvait pas être menée à son terme.

Source : 

Mendez et al. The divergence of Neanderthal and modern human Y chromosomes. American Journal of Human Genetics, 2016
DOI: 10.1016/j.ajhg.2016.02.023